El viaje hasta Choquequirao es largo y extenuante, pero ciertamente inolvidable.

Se parte del Cusco por la carretera que va a Abancay. En el kilómetro 154 debe tomarse el desvío hasta la localidad de Cachora, último pueblo antes de llegar hasta el complejo arqueológico. Desde allí se va a caballo o a pie. En Cachora se pueden contratar los servicios de los caballos para llevar la carga. El camino ha sido recientemente ampliado y arreglado. Transitar por él, es ahora más cómodo y seguro. Llegar a Choquequirao requiere de una buena condición física y del equipo adecuado. Partiendo de Cachora (2,900 m.s.n.m.) es necesario bajar hasta el río Apurímac (1,530 m.s.n.m.) para acampar. El segundo día se sube hasta los 3,085 m.s.n.m. de altitud, donde se ubica el complejo. Para regresar, se utiliza el mismo camino.

Las jornadas tienen una duración promedio de cinco a seis horas cada día. Los fuertes desniveles en la ruta, así como la dramática variación de los climas a lo largo del recorrido, lo convierten en un viaje exigente pero muy bien recompensado.

Las instalaciones que sirven de alojamiento a los arqueólogos y trabajadores, mantienen una pequeña área que funciona como oficina y depósito de los objetos encontrados durante la excavación. El visitante puede solicitar ver los últimos hallazgos. Es casi imposible llegar a Choquequirao durante la época de lluvias (diciembre a marzo). Además, los trabajos arqueológicos se interrumpen en esta temporada.